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物理科学院（Physical Sciences）成立于1960年，是加州大学圣地亚哥分校的教育的核心，提供化学、数学以及物理领域的理科教学。该学院为圣地亚哥大学的本科生提供理学基础教育，所有本科生都会在此进行学习，除此之外，学院还为研究生提供专业的理科课程。学院遵循圣地亚哥分校跨学生的传统，为学生开展有影响力的跨学科研究，利用多样化的教师为学生提供创新性课程。

社会科学学院（Social Sciences）成立于1986年，专注于解决社会问题。该学院一共开设了15个部门，不断加强跨学科合作，鼓励学生走向世界，以学者和公民的身份进行社会科学的探索。学院为了面对复杂的挑战，有效的解决社会问题，将理论和实践结合起来，让学生处于重要工作的最前沿，进行实际的基础性工作。学院拥有多个中心和研究所保证学生的研究和实践。

生物科学学院（Division of Biological Sciences）不断推进基础生物科学知识，改善人类的健康，不断进行保护环境和丰富经济生活的研究。该学院为未来的科学家、医生、医疗研究人员和教育工作者提供先进的教学。学院设立了细胞与发育生物学、生态行为和进化、分子生物学以及神经生物学4个学术部门，开设了生物信息学、生态行为与进化、一般生物学、人类生物学、微生物学、分子和细胞生物学以及神经生物学7个本科生物专业。